Το αεροδρόμιο της Σάμου έχει καθημερινή σύνδεση με την πρωτεύουσα Αθήνα και εβδομαδιαία με τη Θεσσαλονίκη, τη Ρόδο, τη Λέσβο και την Κρήτη. Κατά τη θερινή περίοδο υπάρχουν καθημερινές συνδέσεις μέσω πτήσεων τσάρτερ με τις περισσότερες ευρωπαϊκές χώρες: Σλοβακία, Βέλγιο, Ολλανδία, Ελβετία και όλες τις σκανδιναβικές χώρες.
Το νησί της Σάμου έχει δύο μεγάλα λιμάνια το Βαθύ και το Καρλόβασι. Τα τελευταία χρόνια έχει κατασκευαστεί και ένα νέο λιμάνι στην περιοχή του Μαλαγαρίου.
Υπάρχει καθημερινή σύνδεση με το λιμάνι του Πειραιά, τις Κυκλάδες και τα Δωδεκάνησα και αρκετές φορές την εβδομάδα με τα νησιά του Βορείου Αιγαίου.
Η Σάμος συνδέεται επίσης καθημερινά με το λιμάνι Κουσάντασι της Τουρκίας.